故事背景设定在不久的将来，美国被第二次内战摧残。故事集中发生在名义上的DMZ（非战区），一个饱受蹂躏的曼哈顿岛。

近未来某一年，地球爆发毁灭性极大的致命病毒，从而导致全球超过半数的人口死亡。一望无际的茫茫大海，似乎成为病毒无法涉足的神域，而汤姆·坎德勒船长（埃里克·迪恩 Eric Dane 饰）所统领的阿利·伯克级驱逐舰导弹驱逐舰“内森-詹姆斯”号，则成为天罚过后漫无目的漂流并等待 赦免的诺亚方舟。为了保存有生力量，同时确保船上的两名滤过性病原体学者研制出抗毒解药，坎德勒船长违抗了美国临时政府的召唤，带着船员踏上漫漫征途。然而一路上凶险倍至，为了补给和疫苗，他们不得不停靠港口和陆地，除此之外更有他国的船舰试图抢夺解药。更可怕的是，绝望和恐慌也在船员间蔓延。看不到未来的旅程，何日才是尽头……

在最后一季中，杰森·海耶斯努力平衡战士的生活和单身父亲的责任。他信任的副手雷·佩里在退休临近之际质疑他是否能离开战场。专注的破门者桑尼·奎因与不断变化的形势作斗争，因为杰森和雷的注意力转移意味着其他队友必须承担更多的责任。奥马尔·哈姆扎和德鲁·富兰克林都发现投入工作是远离过去创伤的有效方法。任务成功的关键是中尉丽莎·戴维斯，她是一位严肃的军官，带领团队进入与强大对手争夺世界舞台霸权的新时代。Bravo 团队随时准备离开亲人，被派往全球各地，但他们仍然忠于自己的职责。即使面对巨大的困难，他们也知道这是保护他们留下的家人安全的代价。

海豹突击队第 6 季将从中断的地方继续，杰森·海耶斯 (David Boreanaz)、雷·佩里 (Neil Brown Jr.)、克莱·斯宾塞 (Max Thieriot)、桑尼·奎因 (AJ Buckley) 和贾斯汀·梅尔尼克 (Brock Reynolds)在马里遭到伏击。没有人确定谁会幸存下来。